Фамилия Микерников — нечастая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного «ремесленного» корня вроде Кузнецов или Плотников, и её основа не сразу поддаётся расшифровке. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобрать словообразовательную цепочку и поискать возможные исходные прозвища.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Микерников буквально означает «сын Микерника». А вот прозвище Микерник могло возникнуть двумя путями, и оба имеют право на существование. Первый и самый вероятный — от слова «микир» или «микирить». В русских говорах, особенно в южных и центральных областях, «микирить» означало «хитрить, лукавить, мудрить». Соответственно, Микерником могли прозвать человека себе на уме, с хитринкой, того, кто умел выкрутиться из любой ситуации. В этом случае фамилия относится к группе «характерологических» прозвищ, таких как Хитров или Лукавцев.

Вторая версия связывает фамилию с личным именем Микер, которое является просторечной формой канонического имени Никифор (от греческого «никофорос» — «несущий победу»). В народном произношении имя Никифор давало множество вариантов: Микифор, Микер, Микерка. Тогда Микерник — это человек, имеющий отношение к Микеру: либо его сын, либо слуга, либо просто тот, кто носил это имя в качестве прозвища. Эта модель образования (имя + -ник) встречается реже, чем обычные отчества на -ов, но вполне допустима: ср. фамилии Ванников (от Ваня) или Петрушников.

Географически фамилия Микерников тяготеет к южнорусским и поволжским регионам. Встречается она в основном в бывших Курской, Воронежской, Саратовской губерниях, где диалектное слово «микирить» было в ходу, а имя Никифор в народных формах было распространено. Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или мещанская — фамилия не имеет дворянских окончаний (-ский) и не связана с духовенством (где были бы формы вроде Никифоровский).

Таким образом, носитель фамилии Микерников может с равной долей уверенности считать, что его предок либо был хитрованом и ловкачом, либо носил просторечное имя Микер. Первая версия — с прозвищем от глагола «микирить» — выглядит более живой и объяснимой, поскольку даёт прямую характеристику человеку, а не просто повторяет имя.