Фамилия Микерникова — женская форма фамилии Микерников, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Формант «-ов» указывает на типичную русскую патронимическую модель: так называли по отцу или главе семьи. Значит, предок носительницы фамилии носил прозвище или именование Микерник, а его дети и потомки стали Микерниковыми. Вопрос в том, что скрывается за основой «Микерник».

Самая вероятная версия — профессиональное прозвище. В южнорусских и украинских говорах словом «микерник» (или «микерняк») могли называть мельника, работающего на ручной или небольшой водяной мельнице. Слово восходит к диалектному «микер» — ручная мельница, жернов. Сравните с польским «młynarz» и украинским «млинар», но «микерник» — более локальный, узкий термин, характерный для Курской, Воронежской и прилегающих областей. Таким образом, основатель рода Микерниковых, скорее всего, был мельником, причём не владельцем крупной мельницы, а человеком, обслуживающим небольшой помол.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — происхождение от личного имени Микер как варианта канонического имени Никифор (в народной форме Микифор). В таком случае суффикс «-ник» выполняет роль уменьшительного или уничижительного (Микерник — «маленький Микер»). Однако эта версия слабее: от имён на «-ник» обычно образовывались фамилии через суффикс «-ин» (Микерин, Микифоров), а не через «-ов». Модель «Микерник + ов» больше тяготеет к прозвищной основе.

Географически фамилия редкая. Основные очаги — Черноземье и Поволжье, что косвенно подтверждает версию о мельничном ремесле: именно в этих регионах было много мелких водяных и ветряных мельниц, а хозяев или работников при них называли по месту труда. В переписных книгах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в середине XIX века, когда крестьянам массово присваивали фамилии по прозвищам.

С точки зрения словообразования обращает на себя внимание редкий суффикс «-ник» в основе. В русских фамилиях на «-ников» чаще встречаются корни, обозначающие предметы или занятия: Свечников, Пряничников, Мельников. Микерников стоит в этом же ряду, но с диалектной, необщеупотребительной лексемой. Это делает фамилию ценной для лингвиста: она сохранила забытое слово живого говора.