Фамилия Михалишина образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность кому-то. В основе лежит мужское имя Михаил в его разговорной, народной форме Михаля (также Михаль, Михаляй). Получается, что Михалишин — буквально «сын Михали», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительно-обиходным именем Михаля. Фамилия Михалишина — это женская форма, принадлежащая женщине или дочери Михалишина.

Интересно, что в основе лежит не каноническая форма имени, а именно просторечная, что говорит о крестьянском или мещанском происхождении первых носителей. В официальных документах XVII–XIX веков крестьян часто записывали не по полному имени, а по уличному прозвищу или обиходному варианту. Михаля — это то же самое, что и более привычные Миша, Михей или Михалка, но с характерным окончанием -я, типичным для южнорусских и украинских говоров. Поэтому географически фамилия Михалишины чаще всего встречается на западе и юге России, а также в Белоруссии и на Украине.

Словообразовательный ряд здесь прозрачен: Михаля → Михалиша (так могли назвать жену или дочь Михали, но фамилия пошла от отчества) → Михалишин. Суффикс -ин указывает на ответ на вопрос «чей?», то есть «сын Михали». Это типичная патронимическая фамилия, которая не несёт в себе указания на ремесло или прозвище, а просто связывает носителя с предком по имени.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных церковных или мирских имён, -ин чаще цеплялся к именам и прозвищам, оканчивающимся на гласный или мягкий согласный. Михалишин — хороший пример такой модели: основа на -я дала суффикс -ин, а не -ов. Это же правило работает для фамилий Ильин, Кузьмин, Фомин, и Михалишин стоит в том же ряду.

Споров вокруг корня нет: имя Михаил древнееврейского происхождения и означает «кто как Бог». Но для носителя фамилии Михалишина важнее не библейская этимология, а то, что его предок носил непарадное, разговорное имя, выдающее в нём человека из простонародья, не из дворянского или купеческого сословия. В дворянских родах такие фамилии почти не встречались — там предпочитали полные формы или фамилии на -ский.

В современных архивах фамилия Михалишина фиксируется в основном в южных регионах России (Волгоградская, Ростовская области, Краснодарский край) и в Беларуси. Варианты написания с одной «ш» или с «и» на конце (Михалишин) встречаются реже, но принципиально ничего не меняют — все они восходят к тому же корню.