Фамилия Михайлишина — женская форма фамилии Михайлишин, которая образована от имени Михайло. Это народная форма канонического имени Михаил, что в переводе с древнееврейского означает «кто как Бог». В русской ономастике особенно интересен суффикс -ишин. Если фамилии на -ов/-ев или -ин обычно указывают на принадлежность отцу («чей сын?»), то суффикс -ишин (и его варианты -ихин, -ышин) встречается реже и часто несёт оттенок ласкательности или указывает на прозвищную форму. В данном случае Михайлишин — это буквально «сын Михайлиша»: Михайлиш — уменьшительно-ласкательное производное от Михайло, вроде Миша или Мишук, но с характерным западнорусским или украинским окончанием.

География фамилии подсказывает, что корни Михайлишиных стоит искать на стыке русских и украинских земель. Такая модель на -ишин (а не на -енко или -ук) распространена в западных областях России — Брянской, Смоленской, а также в восточной Беларуси. Это не случайно: в этих краях имя Михайло было одним из самых ходовых, и его производные давали множество фамилий. В отличие, скажем, от фамилии Михайлов, которая говорит о прямом отцовстве, Михайлишин подчёркивает более близкое, домашнее прозвище — так могли назвать не просто сына Михаила, а внука или человека, чей отец носил уменьшительное имя Михайлиш.

С точки зрения социального контекста, фамилия Михайлишин (и её женская форма) — крестьянская или мещанская. В дворянской среде такие «уменьшительные» суффиксы почти не встречались: там предпочитали более официальные формы на -ов. Зато в среде крестьян и посадских людей, где имя было не просто именем, а прозвищем, закреплявшимся за родом, подобные фамилии — обычное дело. Предок Михайлишиных мог быть просто Мишей, которого в семье звали Михайлишем, и это прозвище перешло к его детям как постоянная фамилия.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает понять уникальность. Есть Михайлов, Михайловский, Михайленко, Михайлюк. Михайлишин стоит особняком: он не указывает на географию (как -ский) и не говорит о родовом старшинстве (как -енко у казаков). Он показывает, что основатель рода нёс прозвище, а не полное имя, и это прозвище было закреплено через редкий суффикс. Для носительницы фамилии Михайлишина это означает, что её предки с большой вероятностью жили в полосе, где смешивались русские и украинские говоры, и носили неофициальное, «домашнее» имя, которое со временем стало родовым.