Фамилия Михайлин образована от крестильного имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского означает «благонравный». В основе лежит не полная форма имени, а его производная, уменьшительная — Михайла или Михайло. Именно эта просторечная форма имени и дала жизнь фамилии с суффиксом -ин. Такой суффикс в русской ономастике указывает на принадлежность: Михайлин буквально значит «сын Михайлы», «тот, кто из рода Михайлы». Это отличает фамилию от более распространённой Михайлов, где суффикс -ов выполняет ту же функцию, но присоединялся к полной форме имени.

В народной среде имя Михаил часто бытовало именно как Михайла — так звали и крестьян, и посадских людей. Поэтому фамилия Михайлин звучит более «домашне», по-деревенски, и указывает на близкое, неформальное именование предка. Если Михайлов мог носить человек, чьего отца официально записывали полным именем, то Михайлин почти наверняка пошёл от обиходного обращения.

Существует и дополнительная версия, связывающая фамилию с днём Архангела Михаила, который церковь отмечает 8 ноября. Согласно этому объяснению, фамилию мог получить человек, родившийся в этот праздник. Однако эта гипотеза менее вероятна: в русской традиции фамилии от имён святых и архангелов образовывались напрямую от самого имени, а не от календарной даты. К тому же привязка к дню рождения обычно давала прозвища вроде Михайлов день, но не устойчивую фамилию.

Интересно, что фамилия Михайлин встречается в русских говорах и документах с XVII века, преимущественно в центральных и северных регионах России. Это согласуется с тем, что имя Михаил было одним из самых частых крестильных имён: его носили и князья, и простолюдины, поэтому фамилия не закрепилась за каким-то одним сословием. Среди Михайлиных могли быть и крестьяне, и священники, и служилые люди — суффикс -ин не даёт подсказки о социальном статусе, в отличие от фамилий на -ский, которые чаще встречались у дворянства.

Родственными фамилиями, образованными от той же основы, будут Михайлов, Михайлович, Михайленко, Михайлюк. Но Михайлин стоит особняком: он сохранил архаичную форму имени, которая сегодня почти исчезла из живого употребления. Так что человек с этой фамилией носит отпечаток старой народной речи, где Михаил превращался в простого и близкого Михайлу.