Фамилия Михеря — один из тех редких случаев, когда в основе лежит не имя, а прозвище, и при этом суффикс указывает на конкретную модель происхождения. В русской ономастике фамилии на -еря, -ыря, -уля, -юга чаще всего имеют украинское или белорусское корневое происхождение, но встречаются и в южнорусских говорах. Михеря — явный выходец из этой группы: суффикс -еря придаёт прозвищу оттенок ироничной или уменьшительной характеристики человека.

Корень здесь — Мих-, который восходит к каноническому имени Михаил (в народной форме Михей, Михейка). Но в отличие от фамилий Михеев или Михин, где суффикс -ев/-ин просто обозначает «сын такого-то», Михеря — это прозвище, закрепившееся за самим человеком. То есть предка звали не «Михаилов сын», а прозвали Михерей — возможно, за какой-то характерный признак: манеру говорить, привычку, внешность. В украинских и белорусских диалектах -еря могло означать нечто вроде «недотёпа» или «растяпа» (сравните с фамилиями Хохеря, Тетеря), но в случае с Михерей это, скорее, прозвище-имя, без резко негативного оттенка.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям. Встречается в Черниговской, Сумской, Брянской областях, а также в Молдове — вероятно, из-за переселений крестьян в XIX веке. В переписных книгах XVII–XVIII веков такая форма почти не фиксируется: она бытовала в устной речи и позже оформилась как фамилия, когда крестьянам и мещанам начали массово присваивать фамилии по прозвищам.

Интересная деталь: фамилия Михеря не перешла в стандартную модель на -ов или -ин, что говорит о её позднем закреплении — скорее всего, в XIX веке, когда фиксация прозвища шла без переделки. Поэтому носитель фамилии Михеря — потомок человека, которого в своей среде знали именно под этим прозвищем, и оно сохранилось в неизменном виде, минуя «обрусение» суффикса.