Фамилий Михиенко образована от имени Михий, производной формы мужского крестильного имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского означает «подобный Богу». Так, в Книге памяти Республики Коми упоминается Алексей Федотович Михиенко, родившийся в 1870 году, а также крестьянин Иван Антонович Михиенко, родившийся в 1887 году. Таким образом, потомок человека, которого звали Михий, со временем получил фамилию Михиенко.