Фамилия Михнайть — редкий случай, когда фамилия сохранила почти без изменений ту форму, в которой её записал писарь, столкнувшийся с незнакомым литовским или жемайтским словом. Она происходит не из русского, а из балтийского языкового ареала и несёт в себе отчётливый северо-западный след.

Основа фамилии — литовское слово miknius (или miknė). В литовском языке miknius означает «увалень», «неповоротливый человек», «копуша». Прозвище могли дать медлительному, флегматичному человеку. Вторая версия, менее вероятная, возводит основу к глаголу mikčioti — «заикаться». Тогда прозвище могло указывать на особенность речи. Оба значения — бытовые, народные, без книжного налёта.

Окончание -айть — это адаптированная форма литовского суффикса -aitis, который в Литве образует фамилии по отчеству или по прозвищу (сравните: Miknius — Miknaitis). Когда носитель такой фамилии оказывался в русскоязычной среде, окончание записывали на слух как -айть, -айтис или -айт. Встречается написание Михнайтис, но форма Михнайть — именно та, что закрепилась в документах на территории бывшей Российской империи, чаще всего в западных губерниях (Ковенской, Виленской, Гродненской).

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Михнайть — патроним или прозвищное имя, оформленное балтийским суффиксом. Она не имеет отношения к русскому имени Михаил (хотя внешне похожа на «Михнай»), и её не стоит путать с фамилиями на -ин или -ов. Это чистый балтизм, сохранившийся в русском быту.

Географически фамилия почти не выходит за пределы Литвы и приграничных районов Беларуси и Псковской области. Встречаемость крайне низкая, что делает её своеобразным маркером: если вы носите фамилию Михнайть, ваши предки с большой вероятностью жили в Жемайтии или Аукштайтии и говорили по-литовски, а фамилию получили в XIX веке, когда шла массовая фиксация крестьянских прозвищ.