Фамилия Михйличенко — один из тех случаев, когда написание сразу выдаёт редкую или диалектную черту. В стандартной русской ономастике гораздо чаще встречается вариант «Михайличенко» или «Михеенко». Буква «й» в середине — не ошибка, а следствие живого произношения. В украинских и южнорусских говорах имя «Михаил» нередко звучало как «Михáйло» (с ударением на второй слог), откуда и пошла основа «Михйл-». Фамилия образована по продуктивной украинской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVIII веках означал «сын» или «потомок»: Михйличенко — буквально «сын Михйлика», то есть маленького Михаила.

Корень здесь — каноническое крестильное имя Михаил (др.-евр. «кто как Бог»), одно из самых распространённых на Руси. Однако форма «Михйличенко» встречается реже, чем «Михайличенко», и это говорит о локальном бытовании. Скорее всего, фамилия закрепилась на территории, где в языке было принято стяжение гласных: «Михáйло» переходило в «Михйло», а затем в «Михйлик». Такая фонетика характерна для некоторых говоров Черниговщины, Полтавщины или Слобожанщины. Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Михальченко, Михеенко, Михайлов — показывают, как по-разному народ перерабатывал одно и то же имя.

Суффикс -енко в украинской традиции был не только отчеством, но и маркером принадлежности к казацкому или крестьянскому сословию. В реестрах Запорожского войска и в метрических книгах Левобережной Украины фамилии на -енко составляли большинство. Михйличенко, таким образом, — фамилия недворянская, а народная, возникшая в среде, где отчество постепенно становилось родовым прозванием. Сословных привилегий она не давала, зато чётко указывала на происхождение: предка звали Михйлик (уменьшительное от Михаил), и его сыновья стали Михйличенками.

С точки зрения словообразования, фамилия прошла две ступени: сначала от имени Михаил образовали уменьшительную форму Михйлик (с суффиксом -ик, указывающим на молодость или малость), а затем добавили патронимический суффикс -енко. Это типично для украинских фамилий, где промежуточное прозвище нередко сохраняло форму, отличающуюся от полного имени. В современной Украине фамилия встречается, но не входит в топ-100 по распространённости. В России — ещё реже, обычно у выходцев с юга.

Если говорить о написании, то в документах XIX века могли путать «и» и «ы», а также ставить «й» не на месте. Современное «Михйличенко» — скорее всего, фиксация того, как фамилию произносили сами носители. Это не опечатка, а живой след диалекта, который сохранился в паспорте.