Фамилия Микишкин образована от имени или прозвища Микишка. Это разговорная, обиходная форма крестильного имени Никита (от греческого «никетес» — победитель). В русских говорах начальное «н» нередко переходило в «м» под влиянием соседних звуков или просто как диалектная черта, отсюда варианты Микита, Микитка, Микишка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Микишкин — «сын Микишки», то есть потомок человека, которого в быту звали Микишкой.

По словообразовательной модели фамилия типична для северных и центральных регионов России, где -ин был основным патронимическим суффиксом. В южных и восточных областях чаще встречалась бы форма Микишкин с другим окончанием, но в целом фамилия довольно редкая и локальная. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале, что подтверждается данными переписей XIX века: Микишкины записаны в Вятской, Пермской и Самарской губерниях.

Интересная деталь: фамилия Микишкин сохранила архаичный вариант имени, который в литературном языке почти вытеснен формой Никита. В старых документах XVII века можно найти упоминания крестьян и посадских людей Микишек, Микитиных сыновей. Таким образом, носитель фамилии Микишкин — потомок человека, которого в деревне или слободе звали не по полному церковному имени, а по уличному, домашнему прозвищу, что характерно для простонародной ономастики. Другие возможные, но менее вероятные версии — от тюркского имени Микиш (редкое, встречается у татар) или от прозвища Микишка в значении «неповоротливый, медлительный человек» (от диалектного глагола «микишкать» — мешкать), но эти гипотезы не имеют надежного подтверждения в источниках.