Фамилия Микишко — характерный пример восточнославянской модели, где суффикс -ко превращает личное имя в фамилию. В основе лежит имя Микиш, народная форма канонического имени Никита. На украинских, белорусских и южнорусских землях звук «н» перед «и» часто выпадал или переходил в «м», поэтому Никита превращался в Микиту, а уменьшительная форма — в Микиша. Суффикс -ко в XVI–XVII веках активно использовался для образования фамилий в казацкой среде и среди крестьянства: он указывал на принадлежность к роду, но не на знатное происхождение.

Само имя Никита (греч. «победитель») было широко распространено, и его варианты дали множество фамилий: Никитин, Микитин, Микитенко, Микитюк. Микишко стоит в этом ряду как патроним — «сын Микиша». Встречается фамилия в основном на западе Украины и юге Беларуси, реже — в Брянской и Смоленской областях России. В польском языке, где также есть фамилия Mikiszko, она могла писаться через латиницу, но корень тот же.

Иногда Микишко путают с фамилией Микиш, но разница в суффиксе принципиальна: Микиш — это прозвище или имя без патронимического оформления, а Микишко — уже фамилия, закреплённая за потомками. В документах XVII–XVIII веков, например в реестрах запорожских казаков, встречаются носители подобных форм, но конкретных упоминаний Микишко в открытых источниках мало — фамилия редкая, не попавшая в массовые переписи XIX века. Её носители, скорее всего, были мещанами или казаками, а не дворянами: дворянские фамилии чаще оформлялись через -ов/-ев.

Таким образом, Микишко — это «сын Микиша», внук Никиты. Фамилия сохранила живую народную фонетику, которая обошла книжное произношение.