Фамилия Микишанов образована от имени Микишан, которое, в свою очередь, является разговорной формой крестильного имени Никифор. В русском языке имя Никифор (с греческого — «несущий победу») в обиходе часто сокращали и переделывали: от него пошли формы Микиша, Микиш, Микишка. Суффикс -ан- в основе Микишан указывает на то, что перед нами не просто уменьшительное, а скорее «сыновний» вариант: Микишан — это «сын Микиши» или «маленький Микиша». Такая модель образования (основа на -ан + фамильный суффикс -ов) характерна для северных и центральных русских говоров, где имена на -ан (Иван, Петран, Степан) были особенно распространены.

По сути, Микишанов означает «потомок Микишана». Первым носителем фамилии мог быть человек, которого в округе знали как Микишана — либо по отцу (Микиша), либо по собственному обиходному имени. В документах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем Микишан, что подтверждает реальность этой формы. Фамилия фиксируется преимущественно на территории бывшего Владимирского и Костромского краёв, а также в Поволжье — там, где имя Никифор в народном произношении давало особенно много вариантов.

Интересно, что фамилия Микишанов стоит в одном ряду с более частыми Микишев, Микишин, Микифоров. Но если Микишев прямо указывает на отца Микишу, то Микишанов — на «внука» или «сына» уже от производной формы. Такое словообразование встречается реже, поэтому фамилия сохраняет оттенок древней, ещё допетровской системы именования, когда отчество могло строиться не напрямую от имени отца, а от его уменьшительного прозвища.