Фамилия Микишанин — хороший пример того, как простое имя обрастает суффиксами, указывающими на родство. В основе лежит каноническое имя Никита (в просторечии Микита), а точнее — его уменьшительная форма Микиша. Такая замена начального «н» на «м» — не ошибка, а характерная черта южнорусских и украинских говоров, где «Микита» было распространённым вариантом.

Модель образования здесь двойная. Сначала от имени Микиша образовали отчество Микишин («чей?» — сын Микиши). Затем, чтобы указать на принадлежность к роду или к целой семье, к этой основе добавили суффикс -анин. Такая конструкция (Микиш-анин) типична для северных и сибирских регионов России, где фамилии на -анин, -янин указывали на выходцев из определённого места или на потомков одного человека. То есть Микишанин — это буквально «потомок Микиши», «из рода Микишиных».

Встречаются фамилии с тем же корнем, но с разными суффиксами: Микишин, Микишов, Микитенко. Микишанин стоит в этом ряду особняком — она не просто называет сына, а закрепляет принадлежность к целому роду. Такая форма обычно бытовала в среде крестьян и посадских людей, где фамилии закрепились позже, чем у дворянства, и часто фиксировали не одного человека, а целую семейную общину.

Искать первых носителей фамилии стоит в документах Русского Севера и Приуралья — именно там модель на -анин была особенно продуктивна.