Фамилия Микишанова — женская форма от Микишанов, а та, в свою очередь, образована от имени или прозвища Микишан. В основе лежит простонародная форма крестильного имени Никита. В русской народной традиции имя Никита нередко звучало как Микита (с начальным «м» вместо «н» — явление, известное в диалектах и просторечии). От Микиты через суффикс -ан образовали уменьшительную форму Микишан (по той же модели, что Федя — Федяшан, Петя — Петяшан). Суффикс -ан придавал имени оттенок ласкательности или, в некоторых говорах, пренебрежительности, но в данном случае скорее всего это было семейное или уличное прозвище.

Фамилия построена по стандартной русской патронимической модели: к основе Микишан добавили суффикс -ов, что буквально означает «сын Микишана». Окончание -а в женском варианте указывает на принадлежность к роду: Микишанова — «дочь или жена Микишанова». Такая модель типична для центральных и южнорусских областей, где фамилии на -ов встречаются чаще всего.

Географически фамилия редкая. Её можно встретить в Поволжье и на Урале, где в XVII–XIX веках активно селились крестьяне из центральной России. В этих регионах имя Микита было особенно распространено среди старообрядцев, которые нередко сохраняли архаичные народные формы церковных имён. Поэтому предки носительниц фамилии Микишанова с высокой вероятностью были крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано.

Интересная деталь: в некоторых старых документах встречается написание Микишанов с одной «н» и даже Микисанов, что связано с диалектным произношением звука «ш» как «с» в отдельных говорах. Но современная орфография закрепила вариант с «ш» и двойным «н» (по аналогии с фамилиями типа Иванов, Петров — суффикс -ов не требует удвоения, но здесь оно возникло из-за стечения согласных в основе). Таким образом, фамилия Микишанова — живое свидетельство того, как в русской деревне переиначивали церковные имена на свой лад, создавая из них стойкие родовые прозвища.