Фамилия Микишева образована от мужского имени Микиш — просторечной, обиходной формы канонического имени Никита. В русской народной среде имя Никита (от греческого «победитель») часто сокращали, меняя начальный звук: Микита, а затем и Микиш. Такая замена «н» на «м» — не редкость в диалектной и разговорной речи, вспомните хотя бы пару Наталья — Маталья в некоторых говорах. Суффикс «-ш» в основе Микиш — типичный для русских уменьшительно-ласкательных форм (Павел — Павлиш, Иван — Ваниш). Фамилия Микишева — женская форма, а мужская — Микишев.

По модели образования это типичная патронимическая фамилия на «-ев»: от прозвищного или обиходного имени Микиш с помощью притяжательного суффикса, означавшего «чей?» — «сын Микиша». В документах XVI–XVII веков встречаются записи крестьян и посадских людей с этим именем: например, в переписных книгах Новгородской земли и Вятки упоминаются Микиши и их потомки. Фамилия не относится к дворянским — она бытовала в основном среди крестьян, ремесленников и мелких служилых людей центральной России и Поволжья.

Географически фамилия Микишев (и Микишева) наиболее частотна в Кировской, Нижегородской, Вологодской областях и в Пермском крае — то есть в зонах позднего заселения, куда переселялись крестьяне с севера и центра. Встречается она и на Урале, что связано с миграциями в XVII–XVIII веках. В южных регионах, например в казачьих областях, эта фамилия редка.

Иногда фамилию путают с Микишовым, где суффикс «-ов» присоединён к той же основе, но это разные словообразовательные варианты, и путать их не стоит. Есть и редкая фамилия Микишенко — украинский аналог с тем же корнем. В целом Микишева — прозрачная фамилия, которая прямо указывает на имя предка, и её носители могут быть уверены: их родословная восходит к человеку по имени Микиш, то есть Никита.