Фамилия Микишев образована от имени или прозвища, и в её основе лежит уменьшительная форма Микиш. Это, в свою очередь, производное от канонического крестильного имени Никита. В греческом оригинале Никита означает «победитель», но в русской народной среде имя обросло множеством обиходных вариантов: Микита, Микитка, Микиша. Суффикс -ша в таких именах (Микиша, Гриша, Тимоша) — ласкательный, характерный для повседневного общения в крестьянской и мещанской среде. Таким образом, Микиш — это попросту «маленький Никита» или, по отношению к взрослому человеку, прозвище, закрепившееся за ним в семье или деревне.

Фамилия стоит в ряду однокоренных: Микитов, Микитин, Микишин. Но форма Микишев указывает на суффикс -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа Микиш- дала притяжательное прилагательное «Микишев сын» или «Микишев работник». Такой способ образования — один из самых массовых в русской ономастике: фамилию давали по имени отца или главы семьи.

Географически фамилия Микишев тяготеет к северным и центральным регионам России. Встречается она и в украинских землях, где имя Микита было распространено не меньше, чем в великорусских губерниях. Нередко фамилия фиксируется в старообрядческой среде, где сохранялись архаичные формы имён, избегавшие церковной книжной нормы.

О социальном происхождении носителей фамилии можно судить косвенно: суффикс -ев и основа от уменьшительного имени чаще указывают на крестьянское или посадское происхождение. Дворянские роды с такой фамилией практически неизвестны. В документах XVII–XVIII веков Микишевы упоминаются как крестьяне и посадские люди в Переславле-Залесском, Вологде, на Урале.

Спорных версий по фамилии немного. Иногда основу Микиш пытаются возвести к тюркскому корню, но это маловероятно: имя Микита — чисто славянская переработка греческого Никита, и фамилия встроена в стандартную русскую модель. Если и есть редкие случаи заимствования, то они единичны и не меняют общей картины.