Фамилия Микушкина — женская форма, а в основе лежит мужская фамилия Микушкин, которая образована от имени или прозвища Микушка. Чаще всего Микушка — это уменьшительно-ласкательная форма имени Микула (народный вариант имени Николай) или Михаил. В русских говорах имя Микула было широко распространено, особенно в новгородских и псковских землях, где святого Николая Чудотворца называли Микулой. Соответственно, Микушкой могли звать маленького Николая или Михаила, а потом и взрослого человека — по той же модели, что Петрушка от Пётр или Ванюшка от Иван.

Суффикс -ин в фамилии Микушкин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Микушкин, то есть сын Микушки. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. В южных регионах чаще использовали суффикс -ов, поэтому Микушкин — фамилия с выраженным северным или среднерусским следом.

Есть и другая, более редкая версия: Микушка могло быть не уменьшительным от имени, а самостоятельным прозвищем. В некоторых диалектах «микушка» — это ласковое название медведя, но такое значение маловероятно для основы фамилии: прозвища из животного мира редко давали в уменьшительной форме. Куда правдоподобнее, что фамилия произошла от крестильного имени, и предок носителя был просто Микушей — человеком, которого в семье и в деревне звали ласково, по-свойски.

Встречаемость фамилии Микушкин (и Микушкина) невысокая, она не входит в число массовых русских фамилий. Встречается в основном в центральных областях России, а также в Поволжье, куда переселялись жители северных губерний. Если вам попадались Микушкины в архивных записях XIX века, скорее всего, это были крестьяне или мещане — фамилия не даёт оснований предполагать дворянское происхождение, так как образована от простонародной формы имени.