Фамилия Микушкин — один из тех случаев, когда модель образования подсказывает ответ почти сразу. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Микушкин буквально значит «чей?» — Микушкин, то есть сын или потомок человека по имени Микушка. А Микушка — это уменьшительная, бытовая форма от крестильного имени Микула, народного варианта канонического Николай. В древнерусском языке имя Микула было широко распространено, особенно в крестьянской и посадской среде, где полное церковное имя часто заменяли более привычным в быту вариантом.

Редкость фамилии не в основе, а в суффиксе. Если бы фамилия образовалась по самой частой модели, она звучала бы как Микулов или Микулин — от полной формы Микула. Но здесь мы видим двойное уменьшение: сначала Микула превратился в Микушку (с характерным суффиксом субъективной оценки -ушк-), а уже от этого прозвища или обиходного имени образовалась фамилия. Такая цепочка встречается реже, чем прямое «патронимическое» образование, и говорит о том, что предок носителя, скорее всего, был человеком невысокого социального положения — в среде крестьян и ремесленников уменьшительные имена были нормой общения.

В ономастических словарях фамилия Микушкин не относится к числу частотных. Географически её можно встретить в центральных и северных областях России, где имя Микула было особенно популярно в XV–XVII веках. Сравнение с однокоренными фамилиями — Микулин, Микулов, Микушин — показывает, что все они восходят к одному источнику, но различаются по способу словообразования. Микушкин — самая «ласкательная» из них, что косвенно подтверждает её происхождение из бытового, а не официального именования.