Фамилия Микушкины образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью суффикса принадлежности -ин. В основе лежит имя или прозвище Микушка. Это уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Николай через его народный вариант Микула. Цепочка проста: Николай → Микула → Микушка. Суффикс -ин указывает на то, что фамилия означала «чей?» — «Микушкин», то есть сын или потомок человека по имени Микушка.

Имя Микула в древнерусском языке было весьма употребительным. Достаточно вспомнить былинного богатыря Микулу Селяниновича — пахаря, чья сила превосходила силу дружинников. В народной среде имя Николай, одного из самых почитаемых святых, часто редуцировали до Микулы, а от него уже образовывали домашние, обиходные формы вроде Микушка, Микуша, Микуня. Поэтому предки носителей фамилии Микушкины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а фамилия закрепилась в тех регионах, где был распространён именно этот вариант имени — на севере и в центральной России.

Форма множественного числа — Микушкины — типична для фамилий, которые в документах фиксировались на всю семью или род. В современном русском языке фамилия склоняется как прилагательное: Микушкины, Микушкиных, Микушкиным. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, родоначальников было немного, и фамилия не получила массового распространения по стране.

Интересно, что однокоренные фамилии — Микулин, Микулов, Микушин — образованы от того же корня, но с разными суффиксами. Микушкины выделяются именно ласкательным, «домашним» суффиксом -ушк-, который в фамилиях встречается реже, чем стандартные -ов или -ин. Это придаёт фамилии оттенок теплоты и указывает на то, что прозвище Микушка было не официальным, а семейным, внутриродовым.