Основой фамилии Миланченко послужило мирское имя Милан. Имя Милан происходит от слова «милый», то есть «дорогой, желанный, привлекательный, хорошенький, нежный, кроткий». Также не исключено, что фамилия Миланченко ведет свое начало от прозвища Милан, которое мог получить человек с кротким нравом, добродушный и незлобивый. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Милан, со временем получил фамилию Миланченко.