Фамилия Маланченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVI–XVII веках была распространена в Поднепровье, на Слобожанщине и Запорожье. Суффикс -енко первоначально означал «сын» или «потомок», так что Маланченко — буквально «сын Маланчи». Но кто такая Маланча? Самая убедительная версия связывает её с женским крестильным именем Меланья (от греческого melas — «чёрная, тёмная»). В просторечии имя Меланья сократили до Маланья, а затем и до ласкательной формы Маланча. От этого прозвания и пошла фамилия — по матери или по отцу, которого в быту звали по имени жены.

Есть и альтернативные гипотезы. Одна из них выводит Маланчу из прилагательного «малый»: если человека дразнили Малым из-за невысокого роста, то его дети могли получить фамилию Маланченко. Другая, менее вероятная, связывает фамилию с украинским словом «мала» — сельскохозяйственным орудием для выравнивания почвы на поливных землях. В этом случае предок Маланченко был земледельцем, работавшим с таким приспособлением. Однако обе эти версии уступают основной: имя Меланья было широко распространено на Украине, и от него образовано множество фамилий (Маланчук, Маланец, Маланин), а суффикс -енко типичен именно для отчеств, а не для прозвищ по профессии или внешности.

Таким образом, скорее всего, родоначальником Маланченко был человек, которого в быту звали Маланча — либо по имени матери (в семьях, где мать играла заметную роль), либо по уменьшительной форме от имени отца, если того звали, например, Малан (редкий вариант от Меланья). Фамилия не указывает на сословие: её могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане. В современных украинских записях Маланченко встречается преимущественно в центральных и восточных областях — Полтавщине, Черкащине, Харьковщине, а также в русско-украинском пограничье, где фамилии на -енко прижились особенно прочно.