Фамилия Мильднер — редкий для России пример фамилии, образованной от немецкого географического названия или прозвища. Её основа — немецкое слово mild (мягкий, кроткий, милостивый) или топоним Мильда (Milda) — название нескольких небольших поселений в Саксонии и Тюрингии. Суффикс -ер в немецких фамилиях указывает на принадлежность к местности или роду занятий: Мильднер — буквально «тот, кто из Мильды» или «мягкий человек».

Появление фамилии в России связано с приглашением немецких колонистов в XVIII—XIX веках. Мильднеры могли быть выходцами из немецких княжеств, осевшими в Поволжье, Причерноморье или в городах с крупными немецкими общинами (Санкт-Петербург, Москва, Одесса). В метрических книгах лютеранских приходов эта фамилия встречается редко, но стабильно — в основном среди ремесленников и торговцев.

Словообразовательная модель проста: немецкое mild + суффикс -ner (аналог русского -ец, -ич). В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, Мильднер не склоняется как притяжательное — это прямое заимствование, сохранившее немецкий строй. Встречаются варианты написания: Мильднер, Мильднеръ (до реформы орфографии), изредка Мильтнер — с озвончением согласного.

Однокоренные фамилии в немецком ареале — Мильд, Мильде, Мильденбергер. В России Мильднеры, как правило, не смешивались с носителями похожих русских фамилий (Мельников, Мильчев) и сохраняли обособленность до начала XX века. После революции часть носителей русифицировала фамилию, меняя окончание на -ов, но Мильднер осталась у тех, кто не стремился скрыть немецкое происхождение.

В современной России фамилия крайне редка — по данным переписей, её носит не более нескольких сотен человек, преимущественно в крупных городах и в Саратовской области (исторический район немецких колоний). Споров о происхождении нет: все версии сходятся к немецкому корню mild, и лишь вопрос — топонимический он или прозвищный — остаётся открытым, но для потомков это различие не принципиально.