Фамилия Милежиков — один из тех случаев, когда разбор лучше начинать не с корня, а с суффикса. Перед нами модель на «-иков», которая в русских фамилиях встречается заметно реже, чем массовые «-ов» и «-ин». Этот суффикс обычно указывает на «сына человека по прозвищу Милежик» — то есть исходное прозвище звучало именно так, а не в форме Милежа или Милеж. Сама основа «Милеж-» прозрачно восходит к древнерусскому «милый» — ласковому, любимому, дорогому сердцу. Суффикс «-еж» (как в словах «чертёж», «грабёж») придавал прозвищу оттенок действия или свойства: Милежик мог означать «лакомка», «тот, кто любит нежиться», а возможно, и «миловидный человек».

Есть и вторая, менее очевидная версия: прозвище могло быть образовано от глагола «милежить» или диалектного слова с тем же корнем. В некоторых говорах так называли медлительного, нерасторопного человека — того, кто «милеет», застревает на месте, словно от удовольствия. В этом случае фамилия несёт не ласкательный, а скорее ироничный оттенок: предок мог получить прозвище за свою неторопливость или лень.

Географически фамилия Милежиков редкая и не «разбросана» по всей России. Основные следы ведут в южнорусские и центральные регионы — Курскую, Орловскую, Тамбовскую области, а также на Дон. Там, в среде крестьян и однодворцев, такие прозвищные фамилии на «-иков» возникали естественно: человека называли по бытовой черте, а потом это прозвище закреплялось за его детьми уже как официальная фамилия. В дворянских родословных Милежиковы не встречаются — это фамилия простонародная, скорее всего, крестьянская или мещанская.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Милеев, Милюков, Милешин — показывает, что Милежиков стоит особняком. У него нет параллелей в других славянских языках, а суффикс «-иков» в сочетании с «-еж» даёт редкую даже для русской ономастики конструкцию. По сути, это фамилия-уникум: её носители, скорее всего, происходят из одного небольшого гнезда, где прозвище Милежик прижилось и не распространилось широко.