Фамилия Миликов образована от имени или прозвища Милик. В её основе лежит суффикс -ов, самый распространённый в русских фамилиях, который указывает на принадлежность: «сын Милика». Вопрос в том, что такое Милик.

Здесь возможны два основных пути. Первый — имя Милик как краткая форма от крестильных имён, например Емельян (от греческого «льстивый») или Милий (от латинского «милый»). Второй — прозвище Милик, связанное с диалектным словом «миль» (мель) или «милить» (мелить, делать мелким). В северных и центральных говорах «милик» могли назвать человека невысокого роста, щуплого или того, кто занимался размолом зерна — мелкого помола. Версия с прозвищем выглядит правдоподобнее, потому что в русской ономастике фамилии от прозвищ, описывающих внешность или занятие, встречаются чаще, чем от редких календарных имён.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: прозвищная основа на -ик и патронимический суффикс -ов. Аналогично возникли фамилии Меликов, Мальков, Мельников, но Миликов стоит особняком — у него нет массовой «ремесленной» огласовки (сравните с Мельников от мельник). Это говорит о том, что носители фамилии могли происходить из местности, где слово «милик» бытовало именно в значении «мелкий» или «мельник», но не закрепилось как общеупотребительное.

Географически фамилия редкая. Встречается в основном в центральных областях России, единичные случаи — на юге (Ростовская область) и в Сибири, куда она могла попасть с переселенцами. Сословная принадлежность предков неясна: прозвище по внешности или занятию могло возникнуть и у крестьян, и у посадских людей. Известных исторических деятелей с этой фамилией нет, что делает её типичной «фамилией одного корня», не вышедшей за пределы локального бытования.