Фамилия Миликова — женская форма, но разговор обычно начинают с мужского варианта, Миликов. В основе лежит имя или прозвище Милик. Это уменьшительная форма от целого ряда крестильных имён: Емельян (через Миля из Емилиан), Неемия, Филарет, а также от славянского имени Мил (Милий, Милан). Суффикс -ик указывает на ласкательное, «малое» значение: Милик — это попросту «миленький», «любимчик». Такая модель словообразования (основа на -ик + фамильный суффикс -ов) встречается реже, чем стандартные -ин или -ев, что делает фамилию заметной на фоне более частых Миловых или Милиных.

Патронимический суффикс -ов присоединяется к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный (Милик → Миликов). Фамилия указывает на прямого предка по мужской линии: Миликов — это «сын Милика». В русской ономастике такие фамилии широко распространились в XVI–XVII веках, в первую очередь среди служилых людей и крестьян центральных и южных губерний. Географически Миликовы чаще всего встречаются в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Пермском крае. Это не случайно: именно в этих регионах активно шёл процесс закрепления фамилий за нерусским населением, а имя Милик могло быть усвоено и через тюркские языки, где «милик» означает «владелец», «господин» (от арабского малик). Вторая версия, правдоподобная для южных областей, — происхождение от прозвища Милик, которое давали человеку маленького роста или с мягким, уживчивым характером.

Таким образом, фамилия Миликова может вести родословную как от русского уменьшительного имени со значением «милый», так и от тюркского социального термина. Выбор между этими версиями обычно подсказывает регион проживания предков: чем ближе к Волге и Уралу, тем вероятнее второе объяснение.