Фамилия Милитинский — одна из тех, где географический корень почти не вызывает споров, а вот точное место происхождения теряется в веках. Основа здесь — топоним Милитино или Милитин. Такие названия встречались в разных губерниях Российской империи, но чаще всего — в западных и центральных регионах, где были распространены села с окончанием на -ино. Суффикс -ск- в фамилии указывает на то, что её носитель, скорее всего, происходил из этого населённого пункта: «Милитинский» буквально значит «тот, кто из Милитина» или «владетель Милитина».

В дворянской среде фамилии на -ский были особенно характерны для шляхты Речи Посполитой и польской знати, а затем перешли и в русское служилое дворянство. Однако не стоит спешить с выводами: в XIX веке такие фамилии могли получить и выходцы из духовенства (по названию села, где служил священник), и просто крестьяне, переселившиеся в город и взявшие фамилию по месту прежнего жительства. Без конкретного генеалогического исследования утверждать сословную принадлежность Милитинских рискованно.

Само слово «Милитино» (или «Милитин») может восходить к личному имени Милита — это либо вариант крестильного имени Милитина (от греческого «мелитодес» — медовый, сладкий), либо, что вероятнее, к прозвищу, образованному от диалектного «милитень» — так в некоторых говорах называли медовый пряник или сладкое блюдо. В таком случае прозвище мог получить кондитер, торговец сладостями или просто любитель поесть.

В написании фамилии устойчиво сохраняется мягкий знак: Милитинский, а не Милитиновский. Это дополнительно подчёркивает её «географическое» происхождение — от названия села, а не от отчества (которое дало бы форму Милитинов). Среди однокоренных фамилий — Милитин, Милитов, Милитский. Все они редки и встречаются преимущественно на западе России, в Беларуси и на Украине, что подтверждает гипотезу о западных корнях.