Основой фамилии Мильяненко послужило мирское имя Мильян. Фамилия Мильяненко, скорее всего, образована от сокращенной формы мужских имен Мелентий и Емельян – Меля, Мильян. Крестильное имя Емельян в переводе с греческого означает «льстивый», а Мелентий – «заботливый». Святым покровителем этих имен считался Емилиан Кизический, епископ, исповедник, посвятивший свою жизнь распространению христианской веры. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мильян, со временем получил фамилию Мильяненко.