Фамилия Милюшкина — женская форма от Милюшкин. Её основа — неканоническое имя или прозвище Милюшка. В русской ономастике это типичный случай, когда фамилию создали через суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей сын?» — Милюшкин, то есть сын Милюшки.

Милюшка — это уменьшительно-ласкательная форма от нескольких крестильных имён, начинающихся на Мил-: Милий, Милодор, Емилиан (в просторечии Емилий), а также от славянского имени Мил, Мила. В народной речи такие сокращения были обычны: полное имя в быту ужималось до двух-трёх слогов, а потом обрастало ласкательным суффиксом -юшк- (как Ванюшка, Танюшка). Возможна и более прозрачная версия: прозвище Милюшка могли дать ласковому, милому человеку — от прилагательного «милый».

Словообразовательная модель здесь проста: корень Мил- + суффикс -юшк- (уменьшительный) + фамильный суффикс -ин. По типу это фамилия-патроним, самая распространённая в русском языке после -ов/-ев. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, где такие формы на -ин традиционно преобладали.

С точки зрения социальной истории, Милюшкины — скорее всего, потомки крестьян или мещан, потому что дворянские фамилии редко образовывались от столь «домашних» уменьшительных форм. В документах XIX века Милюшкины упоминаются среди крестьян Тверской, Ярославской и Вологодской губерний. Если копнуть глубже, можно заметить, что фамилия не уникальна, но и не шибко частая — её носители, как правило, не разбредались по всей стране, а оседали локально.

Единственный нюанс, о котором стоит сказать: в некоторых говорах «милюшка» могло означать не просто «милый человек», а конкретно «любимец», «баловень». Это добавляет фамилии оттенок нежности, но без слащавости — скорее, прозвище закрепилось за кем-то, кого в семье или общине выделяли особым теплом.