Фамилия Милюшкан звучит непривычно для русского уха, и это не случайно: её происхождение уходит корнями в молдавскую или украинскую языковую среду. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, которые образуются с помощью суффиксов -ов/-ев или -ин, Милюшкан использует суффикс -ан, характерный для юго-западных славянских и молдавских фамилий. Этот суффикс часто придаёт фамилии оттенок ласкательности или указывает на принадлежность к роду, подобно тому, как в украинском языке образуются патронимы (сын Милюшки — Милюшкан).

Основа фамилии — личное имя Милюшка. Это не календарное имя, а производное от канонического Емилиан (в просторечии — Миля, Милюта) или от имени Милий, которое в русских святцах встречается редко. В народной среде такие уменьшительные формы были распространены: Милюша, Милюшка — ласковое обращение к младшему члену семьи. Таким образом, Милюшкан — это «маленький Милюшка» или «потомок Милюшки».

Есть и вторая версия, менее вероятная, но заслуживающая упоминания. В некоторых говорах «милюшка» могло быть прозвищем человека, который часто употреблял слово «милый» в речи, или же относилось к человеку с мягким, уступчивым характером. В таком случае фамилия закрепляла не имя, а личную черту.

Географически фамилия Милюшкан тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи — в первую очередь к Молдавии и Подолью. Встречается она и в современной Украине, и в Приднестровье. В русских губерниях, где преобладали фамилии на -ов, Милюшкан не прижилась — она осталась маркером местной, региональной традиции именования. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами; в дворянских родословных книгах такая фамилия не фиксируется.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Милюков, Милютин, Милюшин) показывает разницу в ареале: Милюков — типично русская, центральная, а Милюшкан — окраинная, юго-западная. Это хороший пример того, как одна и та же основа, попав в разные диалектные и этнические зоны, даёт совершенно разные по форме фамилии.