Фамилия Милюшенко — типичный пример украинской модели фамилии на -енко, которая обозначала «маленького» или «потомка» человека, чьё имя или прозвище легло в основу. В данном случае основа — Милюш. Это уменьшительная форма от канонического имени Емилиан (в народном произношении — Мильян, Миля) или от более редкого имени Милий. Первый вариант надёжнее: Емилиан (греч. «льстящий, ласковый») в быту давал множество сокращений — Миля, Милюта, Милюш. Суффикс -уш-/-юш- в украинской и южнорусской антропонимии часто служил для образования ласкательных форм (ср. Ивануш, Петруш). Таким образом, Милюш — это «маленький Миля» или «сын Мили».

Фамилия Милюшенко, следовательно, означает «потомок Милюша». Она закрепилась в среде крестьян и казаков Левобережной Украины, где фамилии на -енко в XVII–XVIII веках стали массовыми. В отличие от великорусских фамилий на -ов, которые часто указывали на принадлежность к главе семьи (Иванов — сын Ивана), украинские формы на -енко подчёркивали родство по прямой линии и были особенно популярны среди реестрового казачества и мещан.

Географически фамилия Милюшенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской. В российских переписях XIX века она встречается редко, что подтверждает её локальное украинское происхождение. Встречаются варианты написания с одной «с» (Милюшенко) или с твёрдым знаком на конце — это следы дореволюционной орфографии, когда фамилии не унифицировались.

Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он был выходцем из казацкой или крестьянской среды, а его пращур носил уменьшительное прозвище Милюш — ласковое обращение к человеку по имени Емилиан. В отличие от фамилий с тем же корнем (Милютин, Милюков), которые распространены в северных и центральных губерниях России, Милюшенко остаётся маркером именно украинской фамильной традиции.