Фамилия Милюшина — женская форма, а её мужской вариант Милюшин — довольно редкая русская фамилия, в основе которой почти наверняка лежит не церковное, а обиходное имя или прозвище. В отличие от популярных фамилий на «-ов» и «-ин», здесь бросается в глаза суффикс «-ин», который в русской модели означает принадлежность: «чей?» — «Милюшин», то есть сын Милюши. Сама основа «Милюш» — это производная, уменьшительно-ласкательная форма от целого ряда крестильных имён.

Скорее всего, перед нами вариант имени Емельян (каноническое Емилиан), которое в народной речи сокращалось до Миля, Милюта, Милюша. Такое «обрубание» начала имени — обычное дело в русской антропонимии: из Емельяна получался Миля, из Елисея — Лисей, из Евдокима — Докима. Вторая, менее вероятная версия — связь с именем Михаил, от которого тоже образовывали ласкательные формы Милюша, Милюш. В словаре древнерусских имён Веселовского встречается прозвище Милюта, что подтверждает активность этого корня в XIV–XVI веках.

Исторически фамилия Милюшин бытовала в центральных и северных губерниях России — в Новгородской, Вологодской, Костромской землях. Там, где крестьянские фамилии часто закреплялись через прозвища, а не через полные церковные имена. Человек по прозвищу Милюша — скорее всего, младший в семье, любимец или просто тот, кого называли уменьшительно от Емельяна или Михаила — давал начало фамилии без всяких дополнительных суффиксов.

Словообразовательная модель проста: основа «Милюш-» плюс притяжательный суффикс «-ин». В древности это означало «маленький Милюша» или «сын Милюши». Со временем приставка «сын» отпала, и фамилия закрепилась как родовое имя. В женской форме Милюшина окончание «-а» просто указывает на принадлежность к роду: жена или дочь Милюшина.

Таким образом, носитель фамилии Милюшина с большой долей вероятности ведёт род от крестьянина или ремесленника, которого в быту звали ласково Милюша — производным от редкого в «официальной» истории, но живого в народе имени. Фамилия не дворянская, не искусственная, а типичная для крестьянского сословия, где фамилии «по отцу» появлялись в XVII–XIX веках.