Фамилия Миннуханова — женская форма от Миннуханов, а та, в свою очередь, восходит к составному мужскому имени Миннухан. Это имя — яркий пример татарской (и шире — тюрко-мусульманской) антропонимической традиции, где два корня соединяются в одно слово. Первая часть — «минну» (от арабского «мин» — «из», или же как вариант от «миннәт» — «благодарность, милость»), вторая — «хан» (тюркский титул правителя, князя). Таким образом, имя Миннухан можно перевести как «благодарный хан» или «милостивый повелитель», хотя в бытовом употреблении оно скорее воспринималось как пожелание ребёнку стать достойным, уважаемым человеком, подобным хану.

Основа фамилии — имя Миннухан — образована по продуктивной для татарских имён модели: к арабскому или персидскому компоненту добавляется тюркский титул. Это не редкость: вспомните Галиуллин (Гали + Улла), Бахтияров (Бахт + яр) или, например, фамилию Миннуллин, где вторая часть — «улла» (араб. «Аллах»). У Миннухановых иная вторая часть — «хан», что указывает на более светский, «княжеский» оттенок имени. В русскую документацию фамилия попала через обычную для татарских фамилий схему: к основе на согласный добавили русский патронимический суффикс -ов (Миннухан + ов), а окончание -а указывает на женский род.

Географически фамилия Миннуханова чаще всего встречается среди татар и башкир, особенно в Татарстане, Башкортостане, а также в татарских диаспорах Оренбургской, Челябинской и Тюменской областей. Это не древняя боярская или дворянская фамилия, а сравнительно поздняя, «паспортная», закрепившаяся в XVIII-XIX веках, когда у татар начали массово фиксировать фамилии по отцу. Носители фамилии — потомки людей, которых в деревне знали по имени Миннухан, и это имя, вероятно, давалось в честь деда или уважаемого родственника.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в ряду таких же двусоставных татарских фамилий, как Абдулханов, Нурханов, Гайнутдинов. Редкость фамилии Миннуханова (по сравнению с более частыми Миннуллиными или Хановыми) объясняется тем, что имя Миннухан само по себе не было массовым — оно встречалось реже, чем, скажем, Миннулла или просто Хан. Поэтому каждый носитель фамилии сегодня — носитель довольно точного маркера: его предок носил имя, которое сочетalo в себе исламскую благодарность и степную власть.