Фамилия Миннеханов — одна из тех, где корень сразу указывает на этническое и религиозное происхождение. Она тюркская, точнее — татарская или башкирская, и образована от арабского имени через исламскую традицию, распространённую у волго-уральских народов.

Основа фамилии — мужское личное имя Миннехан. Оно составное: первая часть «Минне» восходит к арабскому «мин» (в значении «из», «от») или, что более вероятно, является адаптацией арабского слова «мина» (гавань, убежище). Вторая часть — «хан» (тюркский титул, означающий «правитель», «владыка»). В целом имя Миннехан можно перевести как «правитель из гавани» или «хан, дающий приют», но в народной этимологии его чаще осмысляют как «верный хан» или «хан веры», связывая первую часть с арабским «му’мин» (верующий). Такая путаница типична для имён, которые пришли из арабского через тюркское посредничество и обросли местными значениями.

Суффикс «-ов» указывает на русскую модель оформления фамилий, которая в XIX–XX веках закрепилась у многих тюркских народов Российской империи. Миннеханов буквально означает «сын Миннехана» или «принадлежащий Миннехану». Это типичная патронимическая фамилия, которая заменила собой старую тюркскую конструкцию «Миннехан улы» (сын Миннехана) при переходе на русские документы.

Географически фамилия Миннеханов сосредоточена в Татарстане, Башкортостане и соседних регионах. Значительная часть носителей — татары-мишари или казанские татары. Если судить по распространённости, предки носителя фамилии были людьми, скорее всего, незнатного происхождения: имя Миннехан давали в крестьянской и торговой среде, реже — среди духовенства. В дворянских родословных книгах эта фамилия не встречается.

Любопытная деталь: в некоторых говорах фамилию произносят с ударением на последний слог — Миннеханов, хотя по русской грамматике ударение должно падать на «а» в суффиксе. Это выдает татарский интонационный рисунок, где ударение часто смещается к концу слова. На письме же фамилия стабильна и не имеет вариантов вроде Минниханова или Миннеханова — орфография застыла с дореволюционных метрик.