Фамилия Минскер происходит от аналогичного прозвища, которое этимологически связано с названием города Минск – столицы Белоруссии, - либо города Минск-Мазовецкий, расположенного в Мазовецком воеводстве Польши. Таким образом, человек, родившийся в одном из этих городов, получил прозвище Минскер. Вероятнее всего, название городов произошло от реки Менка (Меня), которая была притоком Немиги. Гидроним Меня может быть объяснён как происходящий от праиндоевропейского корня men в значении «малый», в том числе и в литовском — menkas (небольшой, маленький, малый). Древнерусские варианты названия — «Мѣньскъ», «Мѣнескъ», «Мѣнскъ» встречались в летописях. В более поздних источниках название города писалось и без ятя — «Меньск», «Менеск», «Менск». Начиная с 1502 года, форма «Минск» использовалась в латино- и польскоязычных документах (Minsk, Mińsk). Подобная трансформация названия города в польском языке произошла под влиянием польского Миньска-Мазовецкого. В конце XVIII века, после разделов Речи Посполитой, написание «Минскъ» устойчиво закрепилось в русскоязычных документах как механический перевод польской формы Mińsk. В образовании фамилии Минскер также участвует немецкий топонимический суффикс –ер, который указывает на происхождение предка Минскеров из населенного пункта под названием Минск. Этот компонент подчеркивает немецкое или ашкеназское происхождение фамилии Минскер. Фамилии немецкого или ашкеназского происхождения встречаются как в немецкоговорящих странах (например, в Германии, Австрии, Швейцарии, Лихтенштейне, Люксембурге), так и на территориях, где традиционно проживают значительные общины немцев (в Бельгии, Дании, Франции, Италии, Польше, Чехии, Словакии, Венгрии, Румынии, Латинской Америке, Намибии, США, Казахстане и России).