Фамилия Минакер стоит особняком среди русских фамилий: она не вписывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский. Её окончание -ер — редкое для восточнославянской традиции, и это сразу указывает на иноязычное происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия еврейская, ашкеназская, образованная по модели, распространённой в среде евреев-ашкеназов Восточной Европы, особенно на территории бывшей Речи Посполитой и Российской империи.

Основа Минак- может восходить к нескольким источникам. Самая вероятная версия — от мужского имени Мина, которое в еврейской традиции является вариантом библейского имени Менахем (утешитель) или уменьшительной формой от Миндл (идишская форма имени Минна). Суффикс -ер в ашкеназских фамилиях часто указывал на профессию или род занятий: например, Шустер (сапожник), Крамер (лавочник). Однако в данном случае -ер мог присоединиться к личному имени, образуя патроним — «сын Мины» или «потомок Мины». Такая модель (личное имя + -ер) встречается у еврейских фамилий, хоть и реже, чем у немецких.

Есть и другая, менее очевидная гипотеза: связь с немецким словом Minacker или Minaker, которое могло быть вариантом написания фамилии Minacker. В немецком языке -acker означает «пашня», «поле», а Min- могло быть сокращением от имени или топонима. Но для восточноевропейских евреев такая «земледельческая» основа маловероятна — фамилии с корнем, означающим «пахарь», чаще встречались у немецких колонистов в России, а не в еврейской среде. Поэтому версия с именем Мина выглядит убедительнее.

Географически фамилия Минакер тяготеет к западным губерниям Российской империи — Волынской, Подольской, Киевской, а также к Царству Польскому. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века носители фамилии встречаются среди мещан и купцов, реже — среди ремесленников. После волны эмиграции конца XIX — начала XX века Минакеры оказались в США, Аргентине и Палестине.

В русском языке фамилия не склоняется по падежам в мужском роде (Минакер, Минакеру, Минакером), но может склоняться в женском, если речь о женщине (Минакер — Минакер, но в разговорной речи часто оставляют без изменений). Ударение, судя по произносительной традиции, падает на второй слог: Мина́кер.

Таким образом, фамилия Минакер — яркий пример ашкеназской патронимической модели, закрепившейся в Российской империи. Её носители — потомки людей, чьё родовое имя было Мина, а фамилия, как это часто бывало, возникла из записи в документах XIX века, когда чиновники фиксировали прозвище или отчество по отцу.