Фамилия Минаковский звучит по-польски или по-западнорусски, но её основа — чисто русское имя Минай или Мина. Суффикс -овский (в польском варианте -owski) в славянских фамилиях указывает на происхождение от владельца земли или на принадлежность к роду: Минаковский — это «сын или потомок Минака». А Минак, в свою очередь, уменьшительная форма от канонического имени Мина (от греческого «месяц»). В святцах это имя встречалось редко, но в народе давали охотно, особенно в среде крестьян и мещан.

Интересно, что фамилия могла возникнуть не напрямую от имени, а от прозвища Минак, которое давали человеку с круглым лицом или лунообразными чертами (отсылка к значению имени «лунный»). Вторая версия — топонимическая: на западе бывшей Российской империи, в нынешней Беларуси и на Волыни, есть деревни Минаково и Минаковцы. Переселенец из такого села, попав в другую местность, легко получал прозвище Минаковский, которое закреплялось за его потомками.

Словообразовательная модель здесь двойная: сначала от имени Мина образовали патроним Минаков (с суффиксом -ов, означающим «чей сын»), а затем прибавили дворянский суффикс -ский, который в XIX веке стал массово добавлять к простым фамилиям для благозвучия. Поэтому носители Минаковских могли быть как потомками мелкой шляхты, так и бывшими крестьянами, получившими фамилию при переписи.

В дореволюционных справочниках фамилия встречается в Волынской и Минской губерниях, а также среди выходцев из Черниговщины. В отличие от более частых Минаевых и Мининых, Минаковский — редкая форма, сохранившая полную словообразовательную цепочку и региональный колорит.