Фамилия Миршаходжаева — яркий пример того, как в одной словоформе соединились арабский, персидский и тюркский языковые слои, характерные для мусульманских народов Средней Азии. В основе лежит сложносоставное имя или титул «Миршаходжа» (мужская форма), где «Мир» — сокращение от арабского «амир» (повелитель, князь) или персидского «мир» (господин, святой), «шах» — персидский титул верховного правителя, а «ходжа» — арабское слово, означающее «господин», «наставник» или «хозяин». В тюркской и иранской традиции «ходжа» также обозначало потомка пророка Мухаммеда или уважаемого купца. Таким образом, Миршаходжа — это составное прозвище, подчеркивающее знатное или духовное происхождение носителя, своего рода «князь-правитель-наставник».

Суффикс «-ева» — это русский патронимический формант, который в XIX–XX веках добавили к фамилиям народов Средней Азии при оформлении документов в Российской империи и СССР. По сути, Миршаходжаева — это «дочь (или жена) Миршаходжи». Фамилия не имеет славянских корней, а её основа — целиком заимствованная, что сразу указывает на географию: наиболее вероятна связь с Узбекистаном, Таджикистаном или регионами, где говорят на тюркских языках (например, с Казахстаном или Киргизией). Встречается она преимущественно в этих республиках, а также в диаспорах за их пределами.

Интересна словообразовательная модель. Сочетание сразу трёх титулов в одном имени встречается нечасто. Обычно в сложных именах вроде Мирзоходжа или Шахходжа используют два элемента. «Миршаходжа» — более редкий случай, где каждое слово усиливает значение предыдущего, создавая гиперболизированный образ уважаемого человека. Возможно, фамилия возникла в среде духовенства (ишанов) или купечества, где было принято давать детям звучные имена, подчеркивающие статус рода. При этом не стоит искать в ней точного исторического титула — скорее, это прозвище, которое со временем закрепилось как наследственное.

О сословной принадлежности предков Миршаходжаевых можно судить лишь предположительно. Если судить по составу, то прародитель мог быть либо потомком пророка (сайидом), либо крупным землевладельцем или торговцем. Однако в XX веке фамилия стала массовой, и сегодня её носят люди самых разных профессий. Главное, что она хранит в себе отголосок среднеазиатской ономастики, где имена часто превращались в целые «формулы» почтения.