Фамилия Мирзаходжаев — составная, и её разбор сразу даёт ключ к происхождению и социальному статусу предков. Она образована от арабско-персидского имени-титула Мирзаходжа, где «мирза» (сокращение от «амир-заде») означает «сын эмира», то есть знатный, грамотный человек, часто из чиновничьей или купеческой среды, а «ходжа» — почётный титул, который носили потомки пророка Мухаммеда (от арабского «хваджа» — господин, хозяин). Сложение двух титулов в одном имени — распространённая в Средней Азии практика, подчёркивавшая высокое происхождение и уважение в обществе.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или -й. В данном случае к «Мирзаходжа» добавили -ев, и получился Мирзаходжаев. Формально это означает «принадлежащий Мирзаходже», то есть потомок человека с таким именем. В русской традиции XIX–XX веков так оформляли фамилии для мусульманских народов Российской империи, особенно выходцев из Средней Азии и Казахстана. В самой Средней Азии фамилии часто записывали иначе — Мирзаходжаев, Мирзаходжаев, а иногда и вовсе без суффикса, просто как отчество Мирзаходжа.

Предки носителя фамилии, скорее всего, принадлежали к социальной верхушке дореволюционного Туркестана — к купечеству, духовенству или мелкому чиновничеству. Титул «ходжа» давал право на особое положение в общине, а «мирза» указывало на грамотность и умение вести дела. Встречается фамилия преимущественно у узбеков, таджиков и других народов Средней Азии, а также в диаспорах в России, Казахстане и на Украине. В дореволюционных метрических книгах и советских документах фамилия фиксировалась в разных вариантах, но нынешняя форма — Мирзаходжаев — закрепилась как стандартная.

Споров о корне фамилии нет: обе части прозрачны и хорошо изучены в ономастике. Единственная тонкость — возможное смешение с фамилией Мирзаходжаев, где «ходжа» заменено на «ходжа» (разные диалектные произношения), но это не меняет смысла. Редкость фамилии (по сравнению, скажем, с Мирзаевым или Ходжаевым) говорит о том, что сочетание двух титулов в имени было не массовым, а избирательным — его давали людям, чьё происхождение требовало подчеркнуть дважды.