Фамилия Мирзаходжаева образована по восточной модели сложения двух титулов или званий. Её основа — составное имя Мирзаходжа, где первая часть «мирза» восходит к персидскому «мирза» (эмир-заде — «княжич», «сын эмира»), а вторая — «ходжа» означает «господин», «хозяин», а в исламской традиции — потомка пророка или уважаемого учителя. Таким образом, Мирзаходжа — это двойное почтительное прозвище, подчёркивающее знатное происхождение или высокий социальный статус предка.

Фамилия стоит в женской форме, характерной для русской грамматики при передаче фамилий народов Средней Азии и Кавказа. Мужской вариант — Мирзаходжаев. Суффикс -ев указывает на принадлежность: буквально «из рода Мирзаходжи». Такая модель сложилась в XIX–XX веках, когда в Российской империи и СССР фамилии местного населения оформляли по русскому образцу для документооборота.

Географически фамилия Мирзаходжаева чаще всего встречается в Узбекистане, Таджикистане и среди выходцев из этих регионов. В дореволюционное время носители такого имени могли принадлежать к духовенству, купечеству или местной аристократии — тем слоям, которые использовали двойные почтительные обращения. В советский период фамилия закрепилась как обычная, без сословного оттенка.

С точки зрения ономастики, Мирзаходжаева примечательна тем, что в ней соединены два компонента, каждый из которых сам по себе мог стать самостоятельной фамилией (Мирзаев, Ходжаев). Двойная конструкция встречается реже, что делает фамилию более узнаваемой и менее распространённой, чем её «одинарные» аналоги.