Фамилия Мисаковская — явный маркер польского или западнорусского (белорусского, украинского) дворянского или шляхетского рода. Её форма с суффиксом -ская указывает на происхождение от географического названия, чаще всего — от имени населённого пункта. Такие фамилии в XVI–XVIII веках получали землевладельцы, владевшие поместьем, или выходцы из него, переселившиеся в другую местность.

Основа фамилии — топоним Мисаково или Мисаков. Скорее всего, это название хутора, деревни или усадьбы. Корень Мисак- может восходить к имени или прозвищу Мисак — уменьшительной форме от православного или католического имени Михаил (в польской традиции — Михал, в белорусской — Міхал, Місь). В диалектах также встречается прозвище Мисак для человека с характерной внешностью или поведением, но это менее вероятно для фамилии на -ская, которая почти всегда привязана к месту.

Искать конкретную деревню Мисаково сложно: название нередкое, но мелкое. В исторических документах упоминаются поселения с похожими корнями на территории современных Польши, Беларуси и западной Украины. Например, в бывшем Гродненском воеводстве или на Волыни. Носители фамилии Мисаковские, вероятно, принадлежали к мелкопоместной шляхте — так называемой «застянковой» или «челядной», которая владела небольшими участками земли и часто служила в армии Речи Посполитой.

После разделов Польши и присоединения западных земель к Российской империи фамилия сохранилась, но её носители постепенно смешивались с русским дворянством и мещанством. В современной России Мисаковские встречаются редко, чаще — в западных областях и в среде потомков переселенцев. В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые давались по отцу, Мисаковская сразу указывает на родовое гнездо: предки были людьми «с Мисакова», то есть из определённого поместья, и эта привязка закрепилась за родом навсегда.