Фамилия Мисакова — женская форма, а её носительницы в большинстве случаев — потомки человека по фамилии Мисаков. Разбирать логичнее мужской вариант.

В основе фамилии Мисаков лежит личное имя или прозвище Мисак. Это уменьшительная или обиходная форма от одного из канонических имён: скорее всего, от Михаил (в народном произношении — Мисаил, откуда Мисак) или от Дмитрий (в южнославянских и некоторых русских говорах Дмитрий могли сокращать до Миса). Встречается и версия, что Мисак — это армянское имя, производное от Мкртич (Креститель) или от имени Мисак (библейский Мисах). Для русской фамилии более вероятно происхождение от Михаила.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — «Мисаков», то есть сын или потомок Мисака. Фамилия фиксируется преимущественно на юге России, в Ростовской области и Краснодарском крае, а также в Армении и среди армянской диаспоры, где она может иметь другое ударение и самостоятельную историю.

В русской среде предок-родоначальник мог быть крестьянином или мещанином, получившим фамилию по имени отца. В армянской традиции фамилии на -ов/-ян часто указывают на принадлежность к роду, и Мисак здесь — прямое имя, а не сокращение. Спор между этими версиями решается просто: если фамилия встречается у русских, её корень — в обиходной форме Михаила; если у армян — это патроним от имени Мисак.

Редкий момент: фамилия Мисакова не имеет связи с профессиями или прозвищами по ремеслу. Она целиком «именная», что делает её типичным примером русских и армянских фамилий, возникших из личного имени без дополнительных смысловых наслоений.