Фамилия Мисаева — женская форма, а её мужской вариант Мисаев. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу. Скорее всего, в её основе лежит личное имя Мисай. Это краткая, народная форма от церковного имени Мисаил (древнееврейское Михаэль — «кто как Бог»). В русских говорах имена на -ил часто сокращали: Михаил превращался в Михей, а Мисаил — в Мисай. Так что ваш предок по мужской линии, скорее всего, носил имя Мисай, и его дети стали Мисаевыми.

Версия с тюркским корнем менее вероятна, но не исключена. В некоторых тюркских языках есть слово «мис» (медь, медный) или «миса» (образец, пример). Тогда прозвище Мисай мог получить медник или человек, служивший образцом. Однако для русской фамилии имя Мисай — самый прямой и распространённый путь.

Модель образования проста: суффикс -ев присоединился к основе на -й (Мисай → Мисаев). Это типичная «патронимическая» фамилия, то есть фамилия по отцу. Такие фамилии в центральной России и на севере появились в XVI–XVII веках, а на юге и в Сибири — позже. Фамилия Мисаева нередка в сёлах бывшей Воронежской губернии и в Ростовской области — там часто встречались крестьяне с именем Мисай.

Интересная деталь: ударение в фамилии может падать как на второй слог (Мисáев), так и на первый (Мúсаев) — в зависимости от местного говора. Второй вариант ближе к исходному полному имени Мисаил, первый — к разговорному Мисай. Если ваши родные произносят «Мисаев», значит, в роду сохранилась память о церковном имени; если «Мисаев» — о бытовом прозвище.