Фамилия Мисалев — редкий случай, когда разбор упирается не в очевидное имя, а в спорную основу. Первое, что приходит на ум: связь с именем Мисаил. В церковном календаре это имя одного из трёх отроков, не сгоревших в печи вавилонской (Анания, Азария, Мисаил). Однако фамилии от Мисаила обычно выглядят иначе: Мисаилов, Мисаильев, реже — Мисайлов. Форма с суффиксом -ев при основе на -ал (Мисал-) нестандартна, но возможна: если имя Мисаил в бытовой речи сократили до Мисал, а затем прибавили -ев, получился Мисалев. Такая модель встречается, хотя и не частая.

Вторая версия — и не слабее — от прозвища Мисала. В северных и сибирских говорах «мисала» или «мисалка» означало миску, плошку, а в переносном смысле — человека, который любит плотно поесть или, наоборот, отличается круглолицестью. Прозвища по предметам посуды в русской ономастике известны: Ложкин, Тарелкин, Чайников. Мисалев в этом ряду — тот, кого прозвали «мисалом» за внешность или привычку. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Мисалы».

География фамилии подсказывает, что версия с прозвищем не менее весома. Мисалевы встречаются в старых документах по Вологодской, Архангельской и Пермской губерниям — как раз там, где слово «мисала» бытовало в живой речи. В центральных областях фамилия редка. Если бы основой было только церковное имя, ареал был бы шире и не привязывался бы к Северу.

Третий, совсем локальный вариант — от диалектного глагола «мисать» (месить, мять, пачкать). Тогда прозвище Мисала могли дать неряхе или тому, кто работал с глиной, тестом. Но эта версия слабее: глагол редок, и фамилия от него скорее дала бы форму Мисалов.

Итог: скорее всего, Мисалев — это либо «сын Мисалы» (прозвище по миске, круглому лицу или едоку), либо, с меньшей вероятностью, потомок человека по имени Мисаил в его разговорной форме Мисал. Однозначного ответа нет, но прозвищный путь кажется чуть естественнее для этой фамилии.