Фамилия Мисалин — редкий случай, где имя-основа спорит с прозвищем, а суффикс -ин указывает на прямую принадлежность. В отличие от массовых фамилий на -ов, которые часто означали «сын такого-то» или «из рода такого-то», -ин чаще прикрепляли к основам на -а/-я. Здесь основа — Мисала, Мисаля, или же напрямую Миса.

Самая вероятная версия: фамилия образована от просторечной формы крестильного имени Михаил. В народе имя Михаил сокращали до Миса, Мисаля, Мисалы. Уменьшительно-ласкательные формы вроде Мисала давали суффикс -ин, и получалось «чей?» — Мисалин, то есть сын или потомок Мисалы. В ономастике это типичная модель: от Михаила пошли Мишин, Мишагин, Мишутин, а Мисалин — один из редких отходов в сторону, где корень потерял «х» и «и» перешло в «а».

Менее вероятно, но стоит упомянуть: основа могла быть связана с диалектным словом «мисать» — медлить, копаться, или с «миса» — так в некоторых говорах называли миску, плошку. Тогда прозвище Мисала получил бы либо медлительный человек, либо тот, кто делал или продавал миски. Однако церковное имя Михаил как источник убедительнее: фамилии от канонических имён в русской среде составляют большинство, а бытовые прозвища редко давали такие же формы, как у имени.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России — там, где имя Михаил чаще дробилось на короткие варианты. Встречается в старых переписях Вологодской, Костромской и Нижегородской губерний. Сословно предки Мисалиных, скорее всего, крестьяне или посадские люди: фамилии на -ин от просторечных форм имени — признак низового быта, а не дворянских родов, которые предпочитали полные формы.

Написание фамилии устойчивое, без вариантов: Мисалин, а не Миссалин или Мисален. Ударение, по законам русских фамилий на -ин, падает на второй слог: Миса́лин. Встречается и ударение на первый слог — Ми́салин, но это уже влияние местных говоров или случайное смещение.