Фамилия Мисалдинов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного славянского суффикса -ов/-ев, который указывал бы на отчество от имени или прозвища, заканчивающегося на согласный. Здесь мы видим суффикс -ин, который обычно присоединяют к основам на -а/-я (Петин, Ильин). Но основа «Мисалдин» на -ин не заканчивается, что сразу наводит на мысль: перед нами не исконно русская модель, а скорее тюркская или арабо-персидская фамилия, русифицированная через добавление -ов.

Самый вероятный корень — арабское имя Мисал (или Мисаль), означающее «пример», «образец», «подобие». В тюркских языках, особенно у татар, башкир, казахов, это имя встречается в форме Мисал или Мисальдин. Второй элемент «-дин» — это арабское «дин» (вера, религия). Таким образом, Мисалдин — это сложное имя, которое можно перевести как «пример веры» или «образец религии». Фамилия Мисалдинов, соответственно, означает «потомок Мисалдина».

Поскольку фамилия образована по русской патронимической модели (-ов), её носители, скорее всего, происходят из татарской, башкирской или кавказской среды, где в XIX–XX веках при записи в метрики или паспорта к тюркским именам добавляли русские суффиксы. Встречается она преимущественно в Поволжье (Татарстан, Башкортостан) и на Северном Кавказе. Вариант написания через «а» (Мисалдинов, а не Мисальдинов) — следствие адаптации к русской орфографии, где мягкий знак часто опускают в фамилиях.

Стоит отметить, что фамилия очень редкая. В открытых базах данных её носители единичны. Это говорит о том, что род мог быть немногочисленным или фамилия возникла поздно, когда фиксация фамилий уже стала массовой. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией нет, что не умаляет её ценности как маркера конкретной семейной истории, уходящей корнями в мусульманскую ономастику.