Фамилия Мисалимова — женская форма, а её мужской вариант Мисалимов. В русской традиции такие фамилии почти всегда образуются от полной формы имени отца через суффикс -ов/-ев. Основа здесь — имя или прозвище Мисалим. Созвучие с арабским именем Муслим (от корня «аслама» — предаваться Аллаху, быть мусульманином) очевидно, но форма Мисалим — неканоническая. Скорее всего, это диалектный или бытовой вариант имени Муслим, характерный для тюркоязычной или кавказской среды, где арабские имена адаптировались под местную фонетику. Переход «у» в «и» (Муслим → Мисалим) встречается в ряде тюркских языков, например в татарском или башкирском, где гласные в заимствованиях могут редуцироваться.

Второй возможный корень — имя Салим (от арабского «салима» — быть целым, здоровым) с приставкой «ми-», которая могла возникнуть как указание на принадлежность или происхождение («из рода Салима»). В таком случае Мисалим — это сложносоставное имя, редкое, но логичное для патронимических систем Средней Азии или Поволжья.

Географически фамилия Мисалимов встречается преимущественно в регионах с татарским и башкирским населением, а также на Северном Кавказе (особенно в Дагестане, где распространены арабские имена в адаптированной форме). Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянству или мещанству — такие фамилии не характерны для дворянства, так как в основе лежит мусульманское, а не православное имя. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла писаться вариативно: Мисалимов, Месалимов, Мисалимович, что отражает неустойчивость письменной фиксации тюркских имён в русской канцелярии.

Интересная деталь: фамилия Мисалимова не входит в число распространённых, её частотность низка даже в регионах бытования. Это говорит о том, что она могла возникнуть от конкретного прозвища, а не от массового имени. Например, Мисалимом могли назвать человека, который вернулся из хаджа или выделялся религиозностью, — в тюркской среде такие «говорящие» имена-прозвища иногда закреплялись за родом.