Фамилия Мисаков — одна из тех, где при внешней простоте корень оказывается неочевидным. На первый взгляд, в основе лежит имя или прозвище Мисак, но с какой именно языковой почвы оно взялось — главный вопрос. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Мисаков, то есть сын или потомок человека по имени Мисак. Однако само имя Мисак в русских святцах не встречается, и это сразу отсылает нас к иноязычному источнику.

Самый вероятный путь — армянское происхождение. В армянском языке имя Мисак (Мисак) — это вариант библейского имени Манасия (в русской традиции — Манассия). С армянского оно переводится как «заставляющий забыть» или «забытый», но в бытовом употреблении стало просто личным именем. Армянские фамилии на -ов, -ян, -янц в Российской империи нередко русифицировали, добавляя русский патронимический суффикс. Так Мисакян или Мисаковян мог превратиться в Мисакова. То есть носитель фамилии, скорее всего, потомок армянина по имени Мисак, который жил на территории России или в среде, где фамилии оформляли по русскому образцу.

Есть и вторая, более редкая версия — тюркская. У некоторых тюркских народов (например, у ногайцев или крымских татар) слово «мисак» означало «договор», «соглашение» или даже «завет». В таком случае прозвище Мисак могли дать человеку, который славился умением договариваться, заключать сделки, или же тому, кто родился в год важного договора. Но эта гипотеза слабее: фамилия Мисаков практически не встречается в тюркоязычных регионах, зато фиксируется у армянских общин на Северном Кавказе и в южных губерниях России.

Географически фамилия редкая. В современных российских базах она сосредоточена в Краснодарском и Ставропольском краях, а также в Ростовской области — то есть в местах традиционного проживания армянских диаспор. Встречается и в Армении, но там чаще пишется как Мисакян. Таким образом, Мисаков — это не случайная фамилия, а след этнической и культурной границы: армянское имя, обрусевшее через суффикс, осело на юге России. Социальный статус предков мог быть разным — от крестьян до купцов, но точных данных об этом нет.