Фамилия Мисакьян — яркий пример армянской модели фамилии, образованной с помощью суффикса -ян (в старой орфографии -янц). Этот суффикс, восходящий к древнему -янц, указывал на принадлежность к роду или происхождение от предка. В русском языке фамилии такого типа часто транскрибируются с сохранением окончания -ян, как в данном случае.

Основа фамилии — личное имя Мисак. Это армянская форма библейского имени Мисаил (евр. «испрошенный у Бога»). В Ветхом Завете Мисаил — один из трех отроков, не сгоревших в печи по воле Бога. Имя было широко распространено в армянской среде, особенно среди духовенства и мирян, почитающих ветхозаветных праведников. Таким образом, Мисакьян буквально означает «потомок Мисака».

Словообразовательная модель армянских фамилий на -ян отличается от русских патронимических суффиксов (-ов/-ев, -ин). В русской традиции фамилия обычно указывала на отца (Иван -> Иванов), тогда как в армянской — на родоначальника, часто отстоящего на несколько поколений. Поэтому Мисакьян — это не «сын Мисака», а скорее «из рода Мисака».

Географически фамилия Мисакьян распространена в Армении и в диаспорах, особенно в регионах исторической Западной Армении (ныне восточная Турция), откуда многие носители фамилии мигрировали в XIX-XX веках. Встречаются варианты написания: Мисакян (без мягкого знака, более точная передача армянского произношения) и реже Мисакьянц (с сохранением древнего окончания).

Социального сословного барьера для этой фамилии не было: Мисаками называли и крестьян, и ремесленников, и священников. Фамилия не указывает на конкретное ремесло или место, а только на имя предка, что типично для огромного пласта армянских родовых имен.