Фамилия Мишкунас — редкий для русского слуха пример, где литовский суффикс -унас встречается в фамилии, бытующей на территории бывшей Российской империи. Это прямой признак балтийского, а точнее литовского или жемайтского происхождения. Суффикс -унас в литовской антропонимии выполняет патронимическую роль, то есть образует фамилию от имени или прозвища отца. В русском языке такие фамилии обычно не склоняются, что часто вызывает путаницу.

Основа — Мишк- — восходит к уменьшительной форме имени Микас, которое является литовским вариантом христианского имени Михаил. В народной литовской традиции имя Микас давало множество производных: Мишкус, Мишка, Мишкявичюс. Соответственно, Мишкунас буквально означает «сын Мишкаса» или «потомок того, кого звали Мишкас». Это типичная модель для литовских фамилий на -унас, которые активно формировались в XVI–XVII веках, когда у литовских крестьян и мелкой шляхты закреплялись наследственные прозвания.

Географически фамилия Мишкунас чаще всего встречается в Литве, особенно в северных и центральных районах (Шяуляйский, Паневежский уезды), а также среди потомков литовских переселенцев в Калининградской области и на северо-западе Беларуси. В России она редка и обычно указывает на литовские корни семьи, утраченные или забытые за несколько поколений.

Стоит отметить, что в польской ономастике встречается схожая фамилия Мишкунас (Miszkuń), но с иным суффиксом, что подчёркивает именно литовский характер окончания -унас. Фамилия не имеет отношения к русскому слову «мишка» (медведь), хотя внешнее сходство иногда порождает ложные этимологии.