Фамилия Мицкунас звучит непривычно для русского уха, но её происхождение прозрачно. Это литовская фамилия, образованная по типичной для балтийских языков модели. В её основе лежит мужское имя Мицкус (Myckus) или Мицка (Micka) — краткая, уменьшительная форма от полного имени Миколас (литовский аналог Николая, от греческого «победитель народов»). Литовский суффикс -унас (-ūnas) — один из самых распространённых патронимических формантов, указывающий на принадлежность: «Мицкунас» буквально означает «сын Мицкуса» или «потомок Мицкуса». Так же образованы многие литовские фамилии: Петраускас, Адомайтис, но с разными суффиксами.

Географически фамилия Мицкунас почти наверняка происходит из Литвы, хотя встречается и в соседних регионах — на северо-востоке Польши, в Латвии и среди литовских общин в Беларуси. В Российской империи литовские фамилии часто русифицировали, добавляя окончания -ов/-ев, но Мицкунас сохранила исходное балтийское звучание. Значит, предки носителя этой фамилии, скорее всего, не были крепостными в центральных губерниях, где русификация шла активнее, а жили в этнической Литве или в западных губерниях с литовским населением.

Социальный статус предков мог быть разным. В Литве фамилии на -унас и -айтис часто носили крестьяне и мелкая шляхта. Если обратиться к ономастическим данным, то фамилии с таким суффиксом редко указывали на дворянство — скорее на свободных земледельцев или ремесленников. Но точного сословного маркера у Мицкунас нет: в метрических книгах XIX века эту фамилию могли записать как за литовским крестьянином, так и за мещанином из небольшого городка.

Интересная деталь: ударение в фамилии Мицкунас, как правило, падает на последний слог — Мицкуна́с, что свойственно литовскому языку. В русском произношении иногда смещают ударение на первый слог, но это уже адаптация. В написании встречаются варианты Мицкунис или Мицкун — они возникали при переезде в русскоязычную среду, где суффикс -ас отбрасывали как «неродной» (сравните: литовский Баранаускас превращался в Барановский). Так что, если в архивах попадётся фамилия Мицкунов — это, вероятно, русифицированный вариант той же основы.